市府以教育部決議不開發南大文化校區為由，雙方簽訂合作備忘錄失效，台南小巨蛋興建破局。市府依法定程序，將優先徵詢第二優先權人成功大學的意願，作為未來決策參考。
南大雖數度發出聲明，宣稱教育部補助台南小巨蛋經費新台幣6億元已經到位，只要市府同意，明天立刻動工，但市府置之不理，市長賴清德甚至已在市議會報告，指市府和南大這項合作計畫已經失效。
南大說明會選在文化校區預定地旁召開，逾百人參加，周遭插上南大旗幟、綁上抗議布條，說明會上也拉開白布條，要求市府信守承諾。
市府下午發出聲明，堅持雙方合作備忘錄已失效，更指稱南大宣稱的「資金到位明天就可動工」是絕對不可能的說法。
市府表示，台南小巨蛋興建經費高達21億元，即使教育部願意補助6億元，南大如何自籌15億元，何況市府也從未看到經費到位的任何文件。
市府和南大合作興建台南小巨蛋案，始於台南縣市合併升格前，原台南市政府和台南大學簽署合作備忘錄，由市府無償提供文教用地，台南大學應於2016年底前完成興建可容納1萬5000人的小巨蛋和停車場，否則土地將由市府收回。