根據規劃，農產品加值運銷中心可進口原本禁止的中國八三○項農產品到區內加工，且可打上「台灣品牌」外銷。農委會主委陳保基先前表示可考慮要求業者使用一定比例台灣農產原料，昨天他則改口，「若有比例限制，自經區就白做了。」
嘉義大學應用經濟系教授林啟淵強調，「農委會應照顧台灣農民，但自經區的好處誰拿走了？農民沒獲益，好處全是食品加工業者的。」
林啟淵指出，從過去經驗，只要台商前往中國投資的農產品，台灣的國際市場就會被中國搶走，鰻魚就是最好的例子，「這是要幫中國發展農業嗎？」
台灣農村陣線發言人蔡培慧批評，自經區是摧毀台灣農業品牌，踐踏國際市場對台灣農業品牌的信任度，根本無法解決台灣農產品產銷失衡的問題。
台灣農權總會理事長張澤豪認為，現在八三○項中國農產品還禁止進口，市場上都可以買得到，未來更容易透過自經區流入台灣，直接打擊台灣農民。