自經區內容以高端服務業為主，推動領域包含國際醫療、智慧運籌、農業加值、產業合作，並提供租稅優惠、放寬中國白領等條件吸引業者進駐。
開放中國白領、農產加工、國際醫療
台灣年輕人、農民、病人恐統統陪葬
台灣團結聯盟主席黃昆輝痛斥此將淪為「中國特區」，在開放中國白領、醫療產業、中國農產品三大毒藥下，台灣的年輕人、農民、病人統統都會被害死。民進黨立委陳其邁形容，這些中國白領免稅、高薪、低保費、高補助，還能攜家帶眷加幫傭在台享用高品質的醫療服務，簡直是「生雞蛋無，放雞屎有」。
行政院長江宜樺昨主持政務會談，對自經區計畫做最後確認，中午由副院長毛治國等公布內容。經建會主委管中閔表示，方案預計本月底報行政院，四至七月進行行政命令的修正，七月底核定推動計畫，希望九月底前送出「自由經濟示範區特別條例草案」。
根據經建會報告內容，在特別條例公布前，直接先將目前「五海一空」自由貿易港區改換招牌成自經區。而未來要推動的各項高端服務領域及鬆綁人流、金流等，都得透過修正行政命令、甚至經立院三讀通過特別條例草案才能進入後續階段。
不過，名列「五海一空」之一的蘇澳港自由貿易港區，目前僅有一家生產電動車的業者進駐，去年貿易額僅四百萬元，不禁讓人質疑政府規劃能力與誠意，媒體當場質疑「比捷安特一家分店的營業額還少」。
在規劃的四項高端服務業中，最引起爭議的是國際醫療及農產加值。國際醫療方面，自經區內得以社團法人成立國際醫療機構，第二階段再試辦公司型態；農產加值部分，開放中國農產品進口到區內加工，再以台灣製ＭＩＴ名義外銷海外。
在推動措施方面，除提供進駐跨國企業最低可享超低營所稅十％優惠外，放寬中國白領來台限制，包括一個月短期商務活動免審查、人數不設限等，也引發質疑。
黃昆輝指出，我國正面臨內、外、婦、兒、急診五大科醫師荒的絕境，政府竟還開闢境外醫療產業，大搶國內醫療資源，豈不是剝削台灣人民的健康權？
台灣優質社會資源 中客坐享其成
陳其邁批評，自經區受僱來台的中國白領，前三年所得稅可減半優惠，卻能坐享台灣優質的社會資源，可說是「生雞蛋無，放雞屎有」。
對外界質疑，經建會堅稱，已做好完善配套規劃，如農產品加工後應全數外銷，不進入台灣市場；國際醫療機構將以外國病人為主，不僅不看健保，還要繳交經營許可費來支援健保。