故宮漲價事件剛平息，又爆出有重要文物遺失的消息，故宮館長馮明珠第一時間召開記者會澄清，她強調，故宮絕對沒有文物遺失，只是有部份文物「殘件未現」。這番話引發外界一片質疑，民眾普遍都認為，「未現」不就是遺失嗎？且故宮並未對於造成「殘件未現」一事做出任何懲處，也引起爭議。
面對各種質疑聲浪，故宮今(27)日發出聲明稿表示，文物的附件、殘片未現，是屬文物保管的責任，經推算發生期間應該是在民國79年至96年之間，在本次文物清點之前，因年代稍久、人事更迭，責任歸屬的釐清，還必須請相關人員列席說明，這都會耗費時日，目前已經辦理中，並將儘速提報考績會討論後懲處。
故宮也強調，他們賞罰分明。
對於耗時3年7個月才完成的文物大清點工作，執行清點的同仁，除了原有業務必須維持運作外，還要準備文物清點相關資料、提取、歸庫、登錄、核對及造冊等文物盤點工作，能圓滿達成任務，值得嘉許，指導委員會決議予以獎勵，9月24日將召開考績會做出獎勵決定。
故宮表示，辦理「文物大清點」予以獎勵，和「文物附件殘片未現」予以懲處，是2件個別獨立的行政處分，都依「國立故宮博物院職員獎懲標準表」相關規定辦理。