廿五日深夜，附近居民陸續聽到「碰碰碰」爆炸聲響，以為有人放鞭炮，直到廿六日零時廿三分，有人路過，發現大量濃煙和火舌從配天宮屋頂冒出，趕緊通報消防局，火勢半小時內控制，因屬木造結構，消防員持續灑水降溫到四時許才結束。
獲報趕到的廟方董監事和信眾，看到熊熊大火正吞噬縣定古蹟，有人痛哭失聲，或焦急不斷祝禱，等灌救告一段落，大家趕緊衝進去搶救神尊，抱著還燒燙燙的神像，幾乎都紅了眼眶，所幸包括「請不動的鎮殿媽」和十多尊神像僅表面燻黑。
不過，特地從高雄旗津循海路前往北港朝天宮進香的旗津天后宮就沒這麼幸運，供奉在正殿的神像被燒得殘破不堪。
經過鑑識人員進一步採證，並調閱監視器畫面，嘉縣消防局火災調查課長李國祥表示，研判起火點就是正殿東南側擺放香擔的位置。
配天宮董事長王如經表示，監視器拍到香擔先是不斷冒出濃煙，廿五日晚上十一點四十五分閃燃後就冒出火花，火勢一路往外擴散，推估從起火到報案至少已悶燒四十多分鐘。
得知起火原因與中途借住的友好宮廟有關，受到無妄之災的配天宮自嘲「真不值」，指基於友好之情，把剛整修好的房子借給人家住，結果火燒厝，實在有夠冤！
嘴裡不願責怪，廟方還是有怨言，指按往例宮廟都會把香擔和神像擺放在正殿中央的鐵桌，但天聖宮以香火不能斷為由，要求香擔另外擺放木桌，加上未派人員看守，臨睡前香末、束柴、木炭又放得比較多，才會不慎引燃火勢。
因配天宮才花了近二億元，耗費四年進行古蹟修復，安座至今不過一百三十多天，突如其來的一場火把正殿燒得面目全非。王如經坦言「損失難以估計」，要不要進一步跟天聖宮求償，將交董事會決議。
嘉縣文化觀光局卅天內會向文化部提出搶救計畫，配天宮也將建臨時行宮，媽祖遶境如期舉行。