菲律賓外交部特別事務次長辦公室律師艾克伊拉（Roy Ecraela）說，馬拉坎南宮於2008年發布的第162號備忘錄通告，就已指示所有政府部門提到沙巴時要謹慎，勿冠上「馬來西亞」4字。
艾克伊拉表示，政府數個部門昨天開會討論沙巴菲籍流民的救助事宜，社會福利部1名代表在報告時提到「許多菲人逃離了馬來西亞沙巴」，1名海岸防衛隊官員立即詢問，政府是否已經改變了對沙巴主權的立場。
基於歷史因素，馬來西亞和菲律賓都聲稱擁有沙巴的主權，在菲國前總統馬可仕時代，兩國甚至曾因此而斷交，但馬尼拉近年來因忙於處理南海爭議，加上南部民答那峨島的和談需要吉隆坡居中斡旋，導致這個棘手議題漸漸沉寂下來。
艾克伊拉強調，馬尼拉沒有放棄沙巴主權，菲律賓最高法院於2011年7月6日也判決，菲律賓應繼續索討沙巴主權。
菲國南部蘇祿王室上月派遣武裝衛隊潛入沙巴索討「祖地」，重新挑起沙巴主權爭議。大馬保安當局與蘇祿軍在對峙數週後開火，截至3月23日，已有逾60名戰鬥人員死亡，將近4000名在沙巴討生活的菲律賓人逃回菲律賓南部的家鄉。
在流民救助會議上，與會代表同意今後將受到影響的菲人稱為「流民」，而不是「難民」或「歸國者」。
菲律賓與中國大陸在南海主權上也存有爭議，艾奎諾三世於去年9月5日簽署第29號行政命令，將南海部分區域命名為「西菲律賓海」。