黃昆輝表示，核四公投上，執政黨以正反併陳的方式雙重命題，立場互為矛盾，若以當初駁回ＥＣＦＡ公投案的標準，核四公投案也應予以駁回。他批說，在ＥＣＦＡ公投上，執政黨是以公投法箝制人民表達意見的基本權利，在核四公投上則是企圖玩弄公投法扭曲人民意志，「玩法亂法莫此為甚」。
黃向行政院長江宜樺喊話，勿成為玩法打壓人民權益的黑手，儘快修正公投法，並順應民意直接停建核四。
由黃昆輝領銜連署，於九十九年四月所提ＥＣＦＡ公投案被行政院公審會駁回，向行政院訴願也遭駁回，前年提出行政訴訟，台北高等行政法院判決敗訴，經上訴最高行政法院，去年改判勝訴，要求公審會召開ＥＣＦＡ公投案聽證會，但公審會未依照判決意旨又駁回ＥＣＦＡ，黃昆輝因此二度向高等行政法院提告。
黃昆輝昨出庭時，痛批政院可以提出核四公投，台聯卻不可以提ＥＣＦＡ公投，根本是雙重標準，對於ＥＣＦＡ遭公審會駁回，黃認為處分違法，依法應重新審議，並召開公聽會，但公審會視最高行政法院為無物，顯然是蔑視司法，而中選會的立場本應保持客觀、中立，竟為政策護航，公審會已成為執政黨的打手。
黃說，政院公審會駁回ＥＣＦＡ公投案，其中一項理由是ＥＣＦＡ公投主文和理由不符，說ＥＣＦＡ的主文是正面表述，但國民黨提的核四公投提案，卻是正、反面表述，明顯的是主文和理由不符，既問停建、又問不得運轉，如此明顯雙重命題，根本於法不符，政院公審會應說清楚。
中選會代表表示，已針對最高行政法院去年駁回ＥＣＦＡ案，提出再審，而ＥＣＦＡ是九十九年六月廿九日簽訂生效，如今重提要不要公投，已無法律上的實益，但原告律師認為並不影響，當庭要求行政院指派代表參加訴訟，因中選會對於行政院公審會的決議內容，根本無法置喙，對此，法官表示將評議決定。