院長：疑改箱為櫃作業疏失
這五件包括清銅鍍金內填琺瑯琵琶式懷錶的鑰匙、青玉八卦水丞的銅小匙、青玉刻花爐三殘片、仿古玉圓璧一殘片、三鑲玉如意三個嵌件消失。
馮明珠表示，整個事件發生可能性之一，在於故宮「改箱為櫃」作業，將所有原來在鐵箱的物件放置到櫃上；這些小物件很有可能仍在鐵箱內或棉絮當中，「可能在雲深不知處」，目前仍在追查之中。
前三任院長皆知文物有遺缺
馮明珠表示，前幾任院長包括杜正勝、林柏亭以及林曼麗都知道文物可能有遺缺的狀況。馮明珠明確指出，發現的時間點在九十年到九十七年間。這些物件遺失，對於原件的價值沒有損害，原典藏文物價值仍然存在。
馮明珠還指出，有許多檔案黏在一起，因為要數位掃描，必須把文物一件一件分開，發現還多了一些文物附件。
指導委員會去年決議不懲處
馮明珠表示，一○一年四月盤點結束之後，由盤點單位向前院長周功鑫陳報，也提出懲處名單；周功鑫依程序向指導委員會報告，指導委員會則是做出不處分的決議。馮明珠表示，當時指導委員會認為，完成盤點相當辛苦，「應該嘉獎而不應該懲處」，但這是管理問題，涉及責任歸屬，將依法做出懲處。什麼時間點發生？可能是哪個人？要去追查；有些人已經退休，必須依序約談，釐清責任歸屬。
馮明珠：絕不可能監守自盜
馮明珠說，所謂的「銷件處理」不是毀屍滅跡，而是做出註記確認此一有缺件，用「銷件」並不恰當。
至於會不會有監守自盜的可能？馮明珠表示，盤點過程以七十九年清冊為主，一起對照，十來個人看著一個物件，要監守自盜，「絕對不可能」。
對於昨被點名，林曼麗表示，文物抽點是院長的責任與義務，發現缺損，該修復的修復，該尋找的尋找，並做成紀錄呈報，「一切依照行政程序處理」。但因後來卸任，相關處理進度還是要進行，「可調閱相關文件看處理進度」，林曼麗有自信禁得起檢驗。她說：「文物清點，不發現問題，才是問題！」，