由教育局所規劃設計的12年國教方案，20日在市議會成為議員們質疑與抨擊重點。蔡淑惠議員指責該局將孩子當實驗品，陳文科議員說台南市的全國教育民調掉到16名，與鄭辦教育只有口號沒有執行力，用人不唯才，只搞小圈圈有關。洪玉鳳議員更直指鄭不將心思放在教育制度推動，卻以意識型態排除異己，讓人憂心孩子的未來。
陳文科表示，鄭邦鎮擔任教育局長之後，人才留不住，高階主管相繼離退，副局長王水文調升體育署副署長，兼任特教科長的專委李勢利退休，督學室主任王立杰也申請退休，因王水文督導的業務與明年上路的12年國教息息相關，特教科則主管全市特教教育，2項重要業務卻面臨『群龍無首』局面，尤其教育局的預算佔總預算的三分之一，卻沒有人才推動教育業務。
洪玉鳳抨擊局長鄭邦鎮竟然通知全市國中小校長，於228當天到湯德章紀念公園參與追思會，強迫校長參加，卻對自己的業務不瞭解，且人事不穩定，內部搞小圈圈相當嚴重，以派系排除異己，讓想進教育界的不敢進來，局長全腦袋都是意識型態，不管孩子死活，讓台南市成為一個實驗教育。鄭邦鎮則解釋當天的活動是『續攤』，校長們參與市府所辦的官方紀念活動之後，才跑第2場。
蔡淑惠則質疑鄭邦鎮與市長賴清德互別苗頭，且『續攤』的做法，對湯德章律師也不尊重。蔡淑惠還質疑教育局所設計的12年國教，何以只能填2個志願？鄭答可2校多志願。但蔡淑惠認為此種方式無非是強迫學生選自己不愛的科系，而該局所推出的12年國教簡報，家長都聽不懂，所有的孩子都當教育局的實驗品。