行政院環境保護署指出，在各界努力整治下，二仁溪水質有明顯改善，為了記錄整治歷程，環保署完成「清風淨水 回首二仁溪-二仁溪污染整治紀錄片」及「二仁溪風華再現-環境與人文變遷影像集」。
「清風淨水 回首二仁溪-二仁溪污染整治紀錄片」由中央大學助理教授呂理德召集團隊執行拍攝，片長45分鐘，透過「美麗與生機」、「污染整治拆除」和「社區參與與重生」3段，敘述二仁溪整治與重生。
「二仁溪風華再現-環境與人文變遷影像集」由長榮大學助理教授洪慶宜的團隊執行，以歷史照片收集，配合文字陳述，讓民眾了解二仁溪過去到現在的風貌。
二仁溪早期污染源主要來自生活污水、農業加工、造紙和垃圾滲出水，60年代後期至70年代新興的養豬業及廢五金業，使河川水質更惡化。環保署指出，廢五金業者利用焚燒及強酸洗廢五金，廢酸液排入溪中，並將酸洗後的廢棄電路板就地掩埋在溪旁，使河川污染非常嚴重。
為了整治二仁溪，環保署推動事業廢水管制、衛生掩埋場與垃圾焚化爐興建、民國82年全面禁止進口廢五金及90年強力拆除68家非法酸洗熔煉業。
環保署近5年內協調經濟部水利署、台南市政府及高雄市政府等單位，清除棄置於二仁溪兩岸超過10餘萬公噸含重金屬有害事業廢棄物，另推動多項整治工程。
環保署說，經多年努力二仁溪整治已有初步成效，嚴重污染河段長度已從90年100%下降至96年35%，101年再降至22%，未來改善河川水質，還須靠大家共同努力。