中國杯葛教宗方濟的就職典禮表達抗議，法新社報導稱，馬英九出席教宗方濟就職典禮引起的中國憤怒反應，是方濟的第一個外交考驗。梵蒂岡是台灣在全球僅有的二十三個邦交國之一，上一次台灣總統訪問梵蒂岡是二○○五年時任總統陳水扁出席前教宗若望保祿二世的葬禮，當時也引起北京憤怒，拒絕派代表出席葬禮，並向義大利政府抗議核發簽證給陳水扁。
著重亞洲事務的羅馬天主教新聞機構「亞洲新聞」（Asia News）社長塞維萊拉（Bernardo Cervellera）說，「梵蒂岡不能阻擋台灣來，這是公開典禮」。他說，中國的反應「就像跳針的唱片—這掩飾了他們其實不知道該怎麼辦的事實」；塞維萊拉說，「他們忙於自己的領導權換班」，意指習近平接掌國家主席。
中國一九五一年與梵蒂岡斷交，並自設官方的愛國天主教教會，不承認教宗領導權，而教廷則繼續帶領中國的地下教會。主教任命權一直是中國與梵蒂岡關係主要爭議之一，本篤十六世任內，教廷將至少三名中國官方教會冊封的主教逐出教會，導致中梵關係惡化。
塞維萊拉說，過去梵蒂岡曾暗示願意與台灣斷交，球在中國手上。香港樞機主教陳日君也認同這一點，他在義大利媒體的訪問中說，「歷任教宗都了解北京的態度，現在就看中國新領導人怎麼做。」
另一個挑戰方濟外交手腕的，是他十八日在梵蒂岡與阿根廷總統克莉絲汀娜‧基希納會面，克莉絲汀娜‧基希納請他介入阿根廷與英國之間的福克蘭群島主權爭議。方濟過去在布宜諾斯艾利斯樞機主教任內，曾批評英國從阿根廷手中「篡奪」福克蘭群島。
方濟與克莉絲汀娜‧基希納過去曾在同性戀婚姻、節育政策上意見不合，沒有跡象顯示方濟會接受她的請求，教廷也未評論此事。英國外交部則聲明，不希望梵蒂岡介入這起爭端；上週英國首相卡麥隆也說，他不認同教宗對福克蘭群島問題的觀點。