日本內閣府的作業小組指出，如果南海海槽發生超強地震，經濟損失估計約逾220兆3000億日圓，高於兩年份的國家預算，大約是東日本大震災經濟損失的13倍，相當於阪神大震災的23倍。
專家學者分析，受災地區除了北海道及東北6縣之外，遍及40都府縣。超強地震發生的1週後，被迫撤離人數最多約達950萬人。
支撐日本經濟的太平洋沿岸地區很可能會造成毀滅性的災情，因此日本政府積極制訂明載防災對策基本方針的大綱。
研議小組估算同311東日本大震災規模9的強震震央靠近陸地的情況，損失金額為：道路等基礎設施或建築物等的直接受災約169兆5000億日圓、生產或服務降低導致受災約44兆7000億日圓、交通網損壞約6兆1000億日圓。
但如果建築物的抗震率提高為100%，加強防災對策，直接受災的損失可減半。
研議小組還分析，南海海槽發生超強地震的損失估計還未列入強震可能引發火山爆發、核電廠核災的影響。如果沿著南海海槽的地區發生超強地震，將是一場「未知的災害」。