民航局說，根據兩岸空運協議，商務包機只能是非營利性，因包機不限航點，現在都是兩岸企業主或商務人士搭乘，快速往來兩岸。
民航局統計，97年兩岸剛開放直航時，商務包機只有5架次，98年增加到57架次，99年再增至168架次，100年達309架次，101年有353架次。
總計直航4年來，兩岸商務包機成長約70倍。
民航局說，台灣有5家普通航空業的飛機，飛過兩岸商務包機，包括華捷、中興、飛特立、前進與漢翔。大陸則有不少是企業主以自有的航空器飛兩岸。
民航局說，隨著兩岸交流日益密切，商務包機還會再成長。
近幾年兩岸民航協商時，台灣曾提出希望開放營利性商務包機；不過，雙方還未達成共識。