改變先前擁核立場
李遠哲近日接受「財訊」專訪指出，日本福島核災後，他多次與國際頂尖科學家交流，因而改變先前立場；他舉出四大理由，宣示支持停建核四。
李遠哲反核理由包括，一是「核四本身的決策錯誤」，在美國歷經六位總統、任職廿多年美國原能會委員長的 Glenn Seaborg教授，曾向他警告、建議台灣建核四時千萬不要找美國奇異公司，因為奇異自三哩島核災後已二十多年沒建核電廠，如為台灣重新設計核能反應爐，一旦出問題找不到零件替代，電廠人才也是問題，因此Seaborg建議台灣另找法國。
李遠哲說，他當年向主政者反映，但台灣最後卻仍向美國買，令他很痛心。後來核四又由奇異分包給日本、日本再轉包出去，成為「拼裝車」、也讓民眾信心全失，可見核四原先的建造決定是不對的。「現在核四可能再花五百億元還收拾不了，這幾百億元何不用來做一些對解決問題有幫助的事？」
第二個問題是「核廢料的處理」，李遠哲說，賣核電廠的人應該處理核廢料，然而二十多年來，核廢料處理技術沒有進步，人類無法解決核廢料，核電廠除役後，就會變成世代與世代間的良心問題。
李遠哲指出，第三個理由是「地震」，國際科學理事會有科學家整理過去五十年內發生的十個芮氏紀錄超過八．五的大地震分布圖，除了中國汶川地震是在內陸，絕大多數大地震都在太平洋沿岸，平均每五年在太平洋沿岸就有大規模的地震，被稱為「zone of fire（火線區）」，台灣就在其中。
李遠哲反核的第四個理由是因「人才」欠缺；他指出，核能科學家警告，核能設備要完美到即使操作的人有疏失都不會出事的程度，人們才能放心。但目前從核電廠的設計、客觀條件（地震帶）和人才訓練來看，遠遠達不到所謂的理想境界。
要向年輕一輩說抱歉
至於停用核電後的能源供需問題，李遠哲說，需要大家一起討論，例如人民可以調整生活、減少耗費能源；如果要燒煤，就發展碳捕捉技術來減少碳排放；即使許多再生能源目前在台灣有困難，但可以發展儲存等科技，讓其他地方的風力、水力、太陽能發電可以串連，讓全球一起使用，這些過去沒想過的，未來並非沒可能。
李遠哲表示，他只能向年輕一輩說抱歉，「我們這一代沒有盡責任，但五十年後你們還在，要什麼樣的地球？你們要掌控，不能讓老一輩來決定。」