對於國軍飛彈研發內容，國防部軍事發言人羅紹和不做評論。但國防部也指出，蔡明憲歷任國防部副部長、部長等要職，肩負維護國家安全的重責大任，理應遵守維護國家機密與業務機密的基本紀律，不應該揭露敏感業務資訊，影響國家安全，國防部對此表示遺憾。
蔡明憲陪同視察 目睹飛彈研發成果
蔡明憲是在二○○八年二月廿三日接任國防部長，在前總統陳水扁於二○○八年五月卸任前，他陪著扁視察了十幾個軍事行程，其中一個就是負責我國飛彈研發的屏東九鵬基地，親眼看到我國自行研發的飛彈試射。
二○一一年四月，蔡明憲曾在「吳三連台灣史料基金會」出版的《綠色執政實錄》中，談及二○○八年扁卸任前親赴九鵬基地視察中程飛彈試射實況的過程。
他在書中表示，「我們隔著防火防震的玻璃，看飛彈升起，透過很大的螢幕清楚看到飛彈衝破大氣層，奔向高空」。這枚試射的飛彈，會依照軍方的導航控制系統前進方向，在飛行過程中已飛越一般中程飛彈的距離。中科院主管數度詢問陳總統要不要讓它再繼續飛，最後陳總統決定，讓它飛到預定距離後再熄火，這已顯現我國太空投射科技的能量，所以總統相當滿意。
蔡明憲並說，演習結束後的第二個星期，ＡＩＴ台北辦事處處長楊甦棣前來拜訪，在會談快結束時，還把兩位隨扈支開，與他單獨會談。
楊甦棣赴國防部 詢問九鵬試射狀況
蔡明憲說，「他知道我部長辦公室後面有一個小型會議室，楊與我算熟識，但要我進去小會議室談，還是讓我覺得很意外」。
蔡明憲回憶說，他當時也請隨扈與機要離開，兩人進到小會議室後，楊甦棣就問：「中科院是否在上週發射飛彈？」可見楊甦棣知情。蔡明憲認為，我方要發射飛彈時，中科院主管就預告這些發射可能會被美國間諜衛星監控，因為美國衛星監控全球，任何地方發射飛彈都會知道。
蔡明憲當時對楊甦棣說：「是的，我們確曾研發、試射飛彈，但仍在測試階段。」蔡事後回憶說，他說的是事實，沒向楊說謊，但也沒說明細節，「事實上他都知道，我不必講太多細節」。但蔡明憲還是向美方說明我國的三項原則，也就是除了自行研發外，「我國不主動攻擊、反擊鎖定敵人軍事基地，並且會事先通知美國，請美方放心。」
蔡明憲說，美國不賣給我國先進的反制防禦武器，如果又阻擋我國自行發展，豈不是要置我國於死地？與其依賴美國的軍事援助，或者是靠中國的善意不攻打台灣，從軍事戰略的觀點，不如靠自己來得可靠。