在前台糖董事長吳乃仁部分，前立委林濁水說，如果洪奇昌提出聲請再審，吳乃仁應該也會提出聲請再審。
洪奇昌強調，他與同案被告吳乃仁「沒有犯意之聯絡，也無行為之分擔」，他們只拜訪吳乃仁一次，台糖內部在那之前，已將本案卅二筆土地做好鑑價，簽呈建議可以公開標售，經董事會討論通過，核定底價六億二千三百多萬元。
他說，吳乃仁九十二年十二月卅日離開台糖，依台糖內控機制，已簽核標售的土地，六個月內沒辦理完成就取消，原鑑價及設定底價於九十三年四月廿八日到期，台糖資產處、董事會等單位後來重新評估決維持底價與公開標售，他與吳並未涉入。
洪奇昌質疑，整個司法調查、審理過程問題重重，沒請專業公正的不動產估價師對系爭土地鑑價，無視有利被告的事證；一審恐龍法官心證已成，二審法官照抄一審判決書，讓他與吳乃仁面臨牢獄之災，顯示「司法改革是條非常漫長的路」。