料延續本篤十六世路線
新任教宗面臨的挑戰，最重要者當屬神職人員性侵事件，以及同性戀與同志婚姻。本篤十六世雖曾就教會漠視性侵事件道歉，但因未處置相關涉案人而飽受批評；而在各國擁抱同志婚姻的同時，教廷是否仍堅守傳統家庭是由父親、母親與孩子組成的教義，是否仍反對同性婚姻，也備受矚目。
梵蒂岡內鬥問題，也將是方濟的一大挑戰。去年本篤十六世的管家爆料教廷內鬥，新教宗必須設法掌控對教宗決策有干預權的梵蒂岡領導組織「教廷部」（Curia）。教廷部是梵蒂岡最高行政機關，由義大利籍神職人員掌控，甚至可介入教宗選舉，對教宗擁有重大影響力。
此外，梵蒂岡是否同意任命女性神職人員，是否終止教士守貞規定、允許他們結婚，對墮胎與安樂死是否仍持反對立場，都是新教宗必須慎重思考並公開表態的問題。倡議人士與部分教士鼓吹廢除守貞規定，允許女性擔任神職，以填補越來越多的空缺。
另一方面，教廷財務紀錄不透明也為人所詬病，梵蒂岡銀行一直被指為存放義大利政治賄款的境外銀行，該行去年涉嫌洗錢遭到調查。教廷已承諾將積極打擊非法洗錢，希望與其他遵守規定的國家一樣列入「清白名單」。