台南市反鐵路東移自救會今（14）日上午在台北召開記者會，指市府漠視自救會提出的替代方案，並刻意抹黑自救會，讓東西兩側居民產生嫌隙。對此台南市政府回應表示，對自救會的說法表示遺憾。市府強調與自救會多次協商，聽取自救會意見，並提出全台僅有的專案照顧住宅方案，但自救會仍不予理會，枉費過去4個多月雙方的努力。
針對反鐵路東移自救會提出的批評，台南市政府稍晚發出新聞稿回應，新聞稿中表示，自救會所持的論點與去年9月成立時如出一轍，換言之，自救會在原地踏步，枉費過去4個多月大家的努力。
市府強調，鐵路地下化工程為國家重大交通建設，市府已多次明白表達，沒有財團、沒有建商介入，也沒有經建會TIF(跨域加值)的適用，絕無自救會代表所言「以土地利益補償軌道建設」的情事。
市府指出，鐵路地下化工程不只能縫合台南市目前因軌道產生的城市發展隔離，未來新舊路權合併的地面騰空廊帶寬度約20-40公尺，長度約6.5公里，可做為貫穿市區主要公園道，紓解附近交通車流量。
市府說，市長賴清德多次聆聽自救會的想法，2月28日也應自救會代表之請，於不邀請交通部代表前提下，讓自救會與市府團隊閉門討論3小時。會中，由自救會陳述工程論點，並與市府工務局、交通局、都發局等首長進行雙向意見交換，自救會代表也同意行政院核定版的工程技術規範與軌道建設標準。
市府認為，整個過程都是經過完整的程序，最後市府以最負責任的態度，選擇在3月12日，由賴清德市長向市議會全體議員施政報告時，向地方民意機關正式提出市府決策，並透過公共頻道現場轉播，向全體市民報告。
市府批評，自救會所提方案己經過多次修正，先是要求「潛盾工法，不徵收民地也不拆屋」，後在工程論壇改採「徵用土地興建臨時軌」，換句話，就是與行政院核定版本相同均是得拆除房屋；且依自救會的施工方法，架設臨時軌因施工期長，還要預留消防等安全巷道，如依自救會的版本其房舍拆除面積並不少於行政院核定版。
市府強調，採行徵用施工除增加工程的次數與施工風險外，自救會也未清楚告知被拆遷戶，將來徵用返還的土地，因建築法規的規定，並不如預期還能擁有相同的樓板面積使用，未來甚至連重新興建房舍都會有困難，且徵用的權益保障也不如協議價購或徵收。這對被拆遷戶來說，並不公平。
最後市府指出，自救會代表不能漠視台南市政府為了照顧拆遷戶，也提出全台僅有的專案照顧住宅方案，擇定在台南副都心市有建築用地上興建照顧住宅，共350戶，提供被拆遷戶以成本價來選購，興建的格式也有大樓、透天厝等多種選擇，如此一來，拆遷戶就有機會如願和鄰居住在一塊，兼顧社區情感。