但是，連戰2月25日在北京一個中國「十六字箴言」和2月26日「在國際上長久以來，台灣是一個『麻煩製造者』」主張發言後，26日晚上，總統府緊急發出新聞稿，發言人李佳霏表示，連戰一個中國十六字說法「從未向馬總統提及」，「2月22日在總統府內會面，兩人也沒談到這件事」，接下來連圑隊反應激烈，痛批馬切割和連的關係，是「見不得別人好」，心態「可悲」，「可恥」，「支持馬的人都走光了」。措詞赤裸裸，交鋒轟轟烈烈令人驚嘆。
這時大家才恍然大悟，原來就國民黨兩岸的決策和執行上連戰反而才是身居邊陲角色的局外人，才警覺到恐怕是太目眩於密集地聯合習近平丶內定全國政協主席俞正聲，及王滬寧、栗戰書、戴秉國、王毅、陳雲林、鄭立中、胡錦濤、賈慶林、曾培炎等陣容盛大的中國領導班子見面，高規格之高，成為「罕見的現象」，以致於都沒注意到在連戰出發時總統府大聲地說，「連戰以民間身分訪問中國，總統樂觀其成」，其實已經把連是馬界定的局外人的定位說得很明白了。
緊跟著第二天，27日中國國台辦發布新聞高度評價習連會，列出五大共識，特別強調「贊同」連戰提出的兩岸各自的法律、體制都實施一個中國原則，從而形成“一中架構”下的兩岸關係，而不是國與國的關係，然後接著兩岸的啦啦隊稱讚不絕：
• 這次連戰的北京之行遠超過台北原先的期待；兩岸關係正面以樂觀的趨向已十分明顯的；
• 北京真可謂之“善意做足”的；有說台北某些人總想弱化、淡化連戰、吳伯雄兩位榮譽主席在兩岸關係發展過程中的歷史定位，想把國共平台視為體制外，缺乏規範性的活動。這次連習會等於昭告各界，連戰及國共平台絕非敝屣，任何人都別想去之而後快的；
• 北京要把“國共合作”的最高榮譽贈送給連戰，等於“不是授勳的授勳無人可替代”的超然地位，在史冊留名。 ”
這一連串發展，又很清楚地表示在胡習連一家親，共襄歷史大業的關係中他們認為馬圑隊才是局外人。
其中把吳伯雄拉到連戰那邊的說法特別值得注意，這指出了馬連矛盾原因並不能從2004台北市長的馬英九下令驅離連發動的「三一九槍擊案非法」占據凱道抗爭民眾開始一路到2005馬參選黨主席逼退連到連勝文槍擊案一連串的「私人，權力恩怨」的發展去看，因為非常清楚的，吳伯雄本來是馬總統用來擠掉連戰在國共論壇中台方領軍位置的人，按理吳的對立面只可能是連不可能是馬。因此馬連的對立原因便應該另外找，而答案則是國共傳統的「兩岸黨國體制」。
所謂國共傳統的兩岸黨國體制有兩個層次：
1，兩岸一國，現狀是內戰遺留；
2，黨國一體，以黨領政，黨高於政。
在這樣的黨國體制下，傳統上，國共都認為兩岸問題是國共兩黨家務事。中共當年以這立場邀兩蔣進行國共和談，小蔣以「三不」─不妥協不接觸不談判回應，並不是否定這樣的黨國體制，而是怕談起來佔不到便宜。
這種兩岸黨國體制當然不符合民主國家的體制，因此台灣民主化以後李登輝積極推動兩岸接觸便捨國共和談模式，而把兩岸的接觸談判任務交給新設立的陸委會「授權委託」的海基會，換句話說李總統把兩岸關係從兩蔣時代的國共關係轉變為是戴上白手套的「政府關係」。這種關係中共略微遲疑後才接受，也成立了國務院台灣事務辦公室下的海協會做為對口機關，但在實際運作上兩岸大有不同。台灣採取黨政分離的作法，行政院所屬的陸委會會丶海基會和國民黨原有的大陸工作會互相沒有隸屬和人事重疊的關係，但中國持續在以黨領政體制下，國台辦，海協會和黨的對台工作小組是「一套人馬兩塊招牌」 。
2000年敗選後，國民黨把李登輝趕出國民黨後認為陳水扁勝選最重要原因是李和民進黨合力推動的「去中國化」政策成功地蠱惑了民心造成的，因此一方面痛批台獨和去中國化，但另一方面有恐共的歷史經驗和害怕被貼上親中標籤，對和北京接觸反而更加戒慎恐懼，一直到2004發現陳水扁將透過宋楚瑜「搭橋」會胡錦濤，才既恐慌又認為和中共接觸的親中禁忌已被陳水扁解除，更認為陳水扁宣揚中國制定反分裂法「得到」了「武力犯台法源」，戰爭一觸即發的說法已深入人心，人心惶惶大可利用，於是「搶頭香」登陸進行連胡會。
連胡會和會中共同發表的＜連胡公報＞如一中原則下終止敵對狀態，發布「五項共同願景」─尤其「國共聯手反獨（事實上就是連手反民進黨）」等等內容都充分展現了民主化前傳統國民黨兩岸一國，兩岸是國共兩黨家務事的黨國體制精神，而事後設置「國共論壇」更為的是實踐這體制精神。於是，連戰與胡錦濤進行歷史性會面後，儼然成為藍營的「兩岸教父」。
馬英九質疑說「大陸仍是一黨領政，國共論壇的承諾對他們可能有拘束力」。其實那裏只是中共認為「國共論壇的承諾對他們有拘束力」，參與規劃推動國共論壇的國民黨人又何嘗不是這樣地看事情。
然而設立時，國民黨仍是在野黨，手中並無公權力，兩黨在論壇中不管怎麼放言高論，都是兩黨家務事，即使涉及政策，也祇是兩黨的主觀期待，對政府政策並無規範功能。但一旦國民黨執政，便會出問題，由於國民黨的領導人將不可能出席在中國舉辦的國共論壇，讓國共平台脫離於台灣的民主程序之外，有違民主法治主義原則，而且海、陸兩會的功能地位，可將更趨虛位化、邊緣化 。
馬雖深藍世家出生，但受過西方價值訓練，在當選前曾訪香港發言維護陳水扁，並說，到國外當然如此；當選後又啟用賴幸媛掌陸委會，可見朝野間和兩岸間的內外之別他原和連戰等傳統國民黨有根本不同的看法 。
因此馬英九在2008就職的第二天，馬英九剛上台時，便在國際記者會上正式定位兩會協商是「第一軌道」，而國共論壇是兩岸「第二軌道」，把國共論壇連降兩級 。還將國共論壇改名為兩岸論壇，並邀民進黨人士參加，明顯地希望從高層政策協商轉型成為「大拜拜」。
所謂第二軌道就是非官方、非正式、不做決策、只有溝通功能的軌道。這是西方國家常用的軌道，這樣定位國共論壇，就民主國家來講，合情合理，但對北京來說，無論從體制觀點或兩岸博奕觀點來說就都成了倒行逆施。吳胡會時胡錦濤向吳伯雄笑著說「主席啊，聽說台灣有個說法，說兩會是第一軌道，我們算第二軌道」，然後轉頭對陳雲林說「雲林啊，你看什麼時候，你已經變成第一軌道，我反而變成第二軌道了」。與會人員 更趾高氣揚又憤懣地把胡錦濤的話當令牌在媒體上得意地披露，秀給馬看，讓他曉得分寸。
本來，吳伯雄一如傳統國民黨本土地方派系人士，對兩岸問題興趣在生意上而對兩岸高層政治本是外行，馬用外行人領軍參與論壇意義本是清楚的，希望他當招牌就好。不料吳卻理所當然地做儘量讓北京歡心的事而事端不斷，從2008推翻奧運慣例把台灣在奧運會的出場，排在中（Ｃ）字隊，而不在台（Ｔ）字隊中出場開始到說中共要撤飛彈了，兩岸不會有戰爭了，乃至今年的「一國兩區」事件狀況層出不窮，而吳伯雄也一步步地從馬這邊站到連那邊了。
於是真正的問題是出在國共論壇及傳統國共黨國體制和現代的民主國家權力分立黨國分際體制的矛盾而不是馬連私怨就很明顯了。
馬總統上任後，除了吳伯雄問題外，國共論壇的風波還有諸如台灣的行政院官員要不要也參加論壇和馬把連吳國共論壇舵手張榮恭從陸工會位置拉下來等等。
除了現代的民主國家權力分立黨國分際體制和傳統國共黨國矛盾不斷外，台灣民意的變遷也和國共黨國體制背後「一個中國」的價值觀背道而馳。這使得馬總統競選連任時因「一國兩區」主張深受民意支持度劇烈下降之苦，也使他對吳連不斷強調「沒有前提的一個中國」感到如芒剌在背。基本上在台灣競逐執政權的政黨或大位的人，他的政策必須重視台灣的民意優先於中共的滿意，而連，吳在權衡上則相反。
連戰一個中國的主張不是只有在國共論壇中可以發揮，由於台灣參與APEC馬沿襲陳水扁借重國民黨政界大老出席的舊例，連戰在2008之後連年成為首席代表繼續進行「國共高層」胡連會繼續發揚一中精神， 而北京也充分運用來牽制馬，以達到影響馬英九的目的，全力保證國民黨既定的兩岸政策不走大樣 。於是雙方最後決裂終於表面化，還落得逢馬必反的自由時報登出題目為＜請連戰尊重總統＞的專文，互和擁連派高亢的「總統請尊重連戰」聲音互嗆。從這角度來看被捧上天的國共論壇根本成了國民黨執政時內部的亂源了，殷鑑在前，羨慕不已要學著搭民共平台的人實在要好好的想一想了。