檢調掌握，衛生署在二○○八年二月召開「研商新制醫院評鑑之健保給付原則」會議，針對忠孝院區等六家醫院，討論核定給付，賴進祥明知道妻子陳淑廷當時擔任忠孝院區醫務長，卻未避嫌，仍親自與會列席。
妻子也升任聯醫忠孝院區副院長
據指出，原本的會議紀錄顯示，決議給予五家評鑑「優等」的醫院「區域醫院給付」，表現較差、唯一評鑑僅「合格」的忠孝院區，則予健保給付額度較低的「地區教學醫院給付」，不過會議紀錄呈報賴進祥後，賴卻涉嫌用筆刪改內容，另加註「原核定健保給付方式無法律依據，一旦實施對各該醫院將發生難以回復之損害，請健保局暫緩原處分之執行」，指示部屬重打公文，後來陳淑廷還因此升任忠孝副院長。
楊志良批示移監院 拖2年才送
前年底，衛生署政風室接獲檢舉，調查發現賴曾參與有關會議，並在訴願決定書上蓋章，卻自稱該案「處理過程本人從未過問，決定書內容本人從未過問」；政風報告直指「賴主秘除於本案關聯之文書批核內容有不實情事，其未予迴避而參與行政處分」。
檢方近日約談賴進祥夫婦
據了解，衛生署政風室在調查該案後，當時的署長楊志良就批示移送監察院，但衛生署卻遲至兩年後才因立委再度關切而移送，引爆吃案爭議。立委黃偉哲曾質疑全案遭吃案逾兩年，衛生署上週才將全案移送監察院，檢調也分案追查。
從楊志良批准到新署長邱文達上任之間長達一個月，為何政風室不即時移送？衛生署政風室主任楊世華未正面回應。至於是否有向新任署長報告此事？楊世華說，沒有單獨報告過，但署長的交接清單中有此事。邱文達於前年二月接任署長後，並未處理賴進祥案，同年十一月則將賴由主任秘書升為常務副署長。
邱文達透過公共關係室主任王哲超表示，前署長所列清單確有提及此事，但政風室並未報告或請示，邱署長以為此事已完成。直到委員關切，今年二月十九日當天，政風室才第一次拿出整份機密調查報告給邱文達看，最後決定維持原建議，二十五日移請監察院確認「是否僅有行政瑕疵」。賴進祥昨僅低調表示「靜待調查」。