蘇祿蘇丹國建立於一四五七年，曾存在於現在的菲律賓南部蘇祿群島一帶。一六五八年，汶萊蘇丹為感謝蘇祿蘇丹協助平息內亂，把沙巴州作為禮物割讓給蘇祿蘇丹。後來西班牙人入侵，到了十九世紀後半，蘇祿蘇丹國逐漸被西班牙控制。
一八八五年，西班牙與英國簽署協定，放棄對北婆羅洲（包括沙巴）的主權，換取英國人承認其對蘇祿群島的統治。一八九八年，美國與西班牙爆發戰爭，西班牙戰敗，蘇祿群島劃給美國。二次大戰後菲律賓獨立，當地劃歸菲國。
至於受英國人保護的沙巴州，則於一九六三年在聯合國主導下，通過公投選擇併入馬來西亞聯邦。至今大馬政府每年仍透過駐菲大使館向蘇祿蘇丹後裔支付約一千六百美元「轉讓金」（後者則稱是租金）。但菲律賓早就主張對沙巴擁有主權，並開始申索沙巴主權，馬菲關係呈現緊張。此次蘇祿蘇丹後裔入侵沙巴並提出索討領土要求，也為馬菲關係帶來衝擊。