國民黨的核四公投命題傾向「你是否支持停建核四」，民進黨則認為應該是「你是否支持續建核四」，朝野為核四公投要如何命題爭執不下。媒體報導，中選會秘書長鄧天祐在接受訪問時表示，公投命題應該要「改變現狀」才有意義。內政部民政司司長黃麗馨也認為公投命題應站在現行政策的反對面，即足以改變現狀，才符合公投法複決的精神。
對於公投命題的相關討論，中選會主委張博雅1日在立法院受訪時表示，中選會只負責接受及處理公投提案，如何命題與中選會無關。她說：『(原音)命題跟我們無關，如果立法院有提案，我們只是接受立法院的，跟我們中選會無關。』
內政部長李鴻源也表示，內政部只負責公投選務，不負責命題，公投該怎麼命題，外界可以討論，並與立法院溝通。