對於連戰的訪中行，總統府連日積極築起防火牆，要打消「密室傳話」的想像空間；面對丁遠超出擊，羅智強罕見具名回應迎戰，雙方核心幕僚正面交手，也讓連馬關係再度受到高度關注 。
丁遠超並表示，連戰與副總統吳敦義年前見面時，以及行政院長江宜樺來訪時，連都提及個人主張，吳、江都持正面看法，政府高層對此事很清楚。總統府及主管大陸事務的部門，不要對連戰此行做出過度或不正確的解讀。
對於連戰陣營的反擊，總統府昨開會研商對策，最後決定以新聞回應方式處理，除澄清連戰未向馬總統以十六字箴言的形式提出「一個中國、兩岸和平、互利融合、振興中華」這一段話，並指連戰對習近平提到的十六個字，是連戰「個人的意見」，馬完全尊重。
府：連馬會沒講過16字箴言
「連馬會」當天在座的總統府副秘書長羅智強具名指出，連、馬會面約四十五分鐘，連在談話中提到和平發展、互利交流等想法。在各個分散的談話段落中，有些部分和上述十六字的「概念」有關。這些段落不一定可以視為構成這些概念的「內涵」；而這四句話拆開來分散在交談中不同的段落，和集中一起形成「十六字箴言」，外界的觀感與解讀顯然是不同的。
丁遠超說，連戰尊重當政者，大年初一就向馬總統報告此行過程與背景，雙方在總統府會面時談及兩岸關係現況及未來可能發生的問題，馬總統很清楚連戰去大陸要表達的理念與態度。雙方談及一個中國時，馬提到國統綱領及兩岸條例前言，都主張一個中國。連戰是指希望未來兩岸能是一個中國，務實面看，現在我們一中則指中華民國。
丁：連曾向馬傳達「內涵」
丁遠超強調，總統府指連戰未向馬總統提及上述十六字，但雙方會面時有觸及到內涵，「意義是在裡面」，之後將這些內涵整理成十六個字，例如新聞標題也是要依據新聞內容訂出來的，當初就像講了新聞內容，只差沒有下標題。他批說，政府發言人發言時，不要望文生義或斷章取義，徒然讓人有質疑想像空間。
總統府發言人李佳霏則指出，當外界質疑上述十六字是不是馬總統請連戰代為轉達習近平，來向府方查詢時，總統府必須據實回應，尤其兩岸關係有其敏感性，面對外界質疑，如果沒有將事實講清楚，會造成民眾的疑慮。
連戰昨晚宴請訪台的前中國副總理曾培炎，本人未對此爭議做出說明。