馬總統並表示，對於二二八事件在教科書所占比重，應請國家教育研究院研究如何增加，要記取二二八及白色恐怖事件的教訓，「我們面對歷史，進行反省」。
馬主持中樞紀念儀式 嗆聲連連
紀念儀式中還出現援扁的抗議聲浪。受邀出席的「九○八台灣國」總會長王獻極，在馬英九抵達現場與眾人握手致意時，突然起身嗆聲︰「做不好就下台」；馬正要致詞時，王獻極又起身要拉抗議布條，聲援釋放前總統陳水扁，但立即被維安人員制止，被警方架出場外，由警車載走。
馬英九結束談話前，男子劉浩廷也突然站起來，以台語高呼「沒有真相，沒有和平」，手邊還拿了一雙泡棉拖鞋，準備丟向馬英九，但也被維安人員迅速制止並架離出場。
民進黨立委陳歐珀則頭戴扁帽、戴著寫有「讓阿扁回家」的黑色口罩，並手舉「阿扁娃娃」，在座位上以沉默表達不滿，因他並未出聲干擾儀式進行，未遭維安人員請出場外。
馬：受難者及家屬苦痛 難以彌補
馬總統致詞時表示，對於二二八的歷史，應該就事論事，對二二八受難者與家屬，更應該將心比心。雖然政府已透過立法、道歉、立碑、訂定國定假日等方式，希望一步步走出二二八事件的陰霾，但他清楚，當年的受難者及家屬內心的苦痛，絕非靠這些活動就能彌補。
馬英九說，除了推動興建二二八國家紀念館，並讓紀念館具有延續二二八研究、教育的功能，他也樂見二二八基金會主導研究、發掘事實真相；此外，要落實法治與人權保障，預防類似事件重演。
宜蘭縣二二八受難者家屬關懷協會理事長呂崧海，則當面提出「打破二二八教育禁忌」等建議。他表示，教育部應編輯二二八事件歷史教案，做為高中以下教學之用，並鼓勵大學研究二二八事件，打破二二八的教育禁忌；縣市二二八紀念會應由教育單位主辦，將流於形式的紀念會變成教育下一代的力量；設置貪官檔案，讓判刑確定的貪官姓名及惡行公開，透過道德力量遏止貪官。
總統府昨也回應王獻極的抗議行動指出，王獻極要求釋放前總統陳水扁，馬總統接受陳情並「完整傾聽」；但稍後總統正式致詞時，王在現場「叫囂吵鬧」，為了維持現場秩序，維安人員才將王獻極「勸離」現場。