調查報告表示，行政當局應密切關注陳水扁病情，依法審慎處理；法務部應從對國家、社會及當事人都有益考量下，適宜安排陳水扁後續醫療處置。
黃煌雄自動調查陳水扁醫療案，曾三度向監察院提調查報告與糾正案，但監察院討論沒能過關。黃煌雄上午第四度提出調查報告，監察院審查通過。
黃煌雄表示，希望敦促主管機關妥為處置陳水扁身體狀況、就醫情形及後續醫療，適當對外說明，以促進社會和諧與人權治國形象。
他說，實地訪查法務部矯正署台北監獄，4次深入訪談陳水扁，敦請9名專業醫師擔任諮詢醫療專家，提供專業意見後，提出調查意見。
黃煌雄表示，法務部、矯正署與台北監獄未能建立陳水扁身心狀況、相關醫療過程及檢查結果的妥善處理機制，在缺乏醫療專業知識，又未徵詢專業醫師情形下，就任意對外發言，導致引發爭議，有怠失。
調查報告指出，法務部依據監獄行刑法等相關法令規定，將陳水扁轉診到台北榮民總醫院戒護外醫的決定，「尚難謂於法有違」；另外，應高度肯定台北榮總醫療團隊表現的專業及態度。
另外，報告指出，國內監所等矯正機關普遍存在收容空間過小、醫療照護設施及戒護人力不足等問題，不利提升台灣人權保障整體形象，法務部應儘速檢討改進，落實公民與政治權利國際公約及經濟社會文化權利國際公約施行法相關規定。