母豬在懷孕期間受感染會導致母豬延遲分娩，娩出死仔或部分死仔，甚至有同胎中木乃伊、黑仔、白仔、弱仔與正常活仔都同時出現的情形。受感染的公豬則會發生精機能障礙、精子生存率低及畸形率高等性狀異常，故對養豬產業造成極大經濟損失。此外，豬隻被認為是日本腦炎的增幅宿主，惟防範豬隻日本腦炎，亦可相對降低人類感染日本腦炎風險。
因豬日本腦炎是藉由病媒蚊在豬隻間互相傳染或是傳染給其他物種，除了要維護環境衛生避免病媒蚊孳生外，確實注射日本腦炎疫苗避免豬隻感染，在防治該疾病時更為重要。養豬場應落實母豬日本腦炎免疫計畫，針對新母豬進行施打日本腦炎疫苗，不但可避免母豬發生流死產，同時也阻絕病原的傳播，並建議畜牧場應加強周遭溝渠、池塘、大型容器等積水處環境清潔，落實場內防疫消毒工作。
為防範豬隻日本腦炎發生，桃園縣動物防疫所提供豬日本腦炎疫苗予轄內畜牧場豬隻施打，畜主如有需要可至本縣動物防疫所（地址：桃園市縣府路57號）領取，或就近至各鄉鎮市公所獸醫洽詢。畜主如發現可疑疫情時，應立即主動與本縣動物防疫所聯繫，防疫通報線 03-3326742分機10-15。