市府1月31日發布新聞指出，民國99年9月台南縣市合併升格前，前台南市政府和台南大學簽訂備忘錄，南台南站副都心地區14.92公頃文教用地撥供台南大學使用（文化校區），校方必需於105年底完成興建可容納1萬5000人的小巨蛋及1.62公頃的停車場。
市府認定教育部已確定南大文化校區及小巨蛋開發不列入南大校區建置計畫，市府和南大簽訂的備忘錄將因此失效，市府將再研議以其他方式興建小巨蛋。
市府此舉引起南大的驚懼，南大昨晚發表聲明說，教育部已同意補助新台幣6億元興建台南大學文化校區小巨蛋興建計畫，只要市府同意，馬上可以動工。
市府表示，教育部對南大文化校區建置決議未曾改變，以南大的自籌資金缺口，也無法應付3個校區的建置計畫，市府已向教育部請示。
市府說，除非教育部另有指示或其他決議，否則市府將不再和南大共同推動此案，備忘錄因不具法律效力，市府將以行政程序處理。