根據規畫，明年十二年國教正式上路時，至少七成五學生免試入學，另外二成五則是特色招生入學。教育部要求今年各招生區免試入學比例達到六十五％，即使明星高中也要達到三十％，明年才有機會進一步達成目標。
去年各地明星高中免試入學比例大約僅一成五，但教育部日前公布的「一○二學年度高中高職免試入學招生簡章審查原則」進一步要求，今年各公立高中要開出至少三成的免試名額。但這項要求遭到台北市立的明星高中抵制，建國中學、北一女中、中山女中及成功高中只開出十五％，跟去年比幾乎沒有進展。
教育部對台北市立明星高中沒輒，只好寄望直接管轄的國立高中，各縣市學校基本上都能配合，唯獨台北市的政大附中、師大附中卻做不到，他們只願提供兩成的免試比例、不想提高到三成。教育部前後跟政大附中及師大附中溝通過五次，但這兩校受到台北市立四所名校影響，堅持今年免試比例最高兩成。
如果免試入學是十二年國教最核心的理念之一，為何教育部連自己直接管轄的政大附中及師大附中都沒辦法說服？這有兩種可能原因，一是免試入學存在問題，所以有些學校堅不接受；另一則是教育部缺乏魄力，沒辦法落實政策。不管是哪一種，都已經讓十二年國教的發展蒙上隱憂。