「媽祖在馬祖」，是馬祖的觀光口號，馬祖之名和媽祖大有關係，馬祖擁有全世界唯一的媽祖靈穴、全世界最高的媽祖神像，還有許多頗具特色的媽祖廟，例如罕見「少女媽祖」面容神像的鐵板天后宮，在電影《茱麗葉》中驚艷現身的小巧可愛的坂里天后宮，不管是虔誠信眾，還是對台灣民俗文化有興趣者，都值得以馬祖的媽祖廟為題，進行一場深度遊！
馬祖最早名字就是叫「媽祖」！南竿馬祖村居民口耳相傳，媽祖當年投海救父，不幸罹難，其屍身漂流至馬祖澳口，村民拾起安葬於現今南竿馬港天后宮，馬祖因此得名「媽祖」，但民國38年國軍來台後，因感女字邊太柔弱，遂更名為「馬祖」。
馬港天后宮內擁有媽祖靈穴石棺，是島上媽祖的信仰中心，香火鼎盛，也屢傳媽祖顯靈神蹟。有傳言後來莆田人將媽祖屍身迎回湄洲，媽祖的衣冠塚留在南竿，但由於無法考證，仍盛行馬港天后宮是唯一媽祖靈穴的說法。矗立於南竿媽祖宗教園區內的媽祖巨神像，高度28.8公尺，是金氏世界紀錄最高的媽祖神像，由365塊花崗岩砌成，代表媽祖娘娘全年無休的守護庇佑。
南竿鐵板天后宮也是馬祖另一媽祖重鎮，每年中秋節廟前廣場都舉行「燒塔」活動，相傳為清代「海賊王」蔡牽所興建，殿中供奉的媽祖神像面容宛如少女，是媽祖仙逝年輕時的容貌，並且是馬祖唯一的泥塑媽祖像。廟內供奉天上聖母、威武陳將軍、華光大帝、臨水夫人、福德正神等眾神，邊側二處神龕也以少見的「廟中廟」形式呈現，散發古樸典雅的氣息。
馬祖的廟宇建築型式因為多源自閩東，與台灣本島地區廟宇大異其趣，馬祖廟宇的封火山牆，如火焰般誇張的牆簷，加上鮮艷的色彩，有著特殊奇特的風情，在馬祖的許多天后宮也都可以欣賞到這樣鮮明的特色。
位於北竿坂里村94號的坂里天后宮，以著「小而美」外觀，引人注目，就像馬祖一顆印式建築，小小一間廟，容納所有的神明，無山門或是幾進的型式，廟裡主祀媽祖，同祀福德正神、本境大王及老堂公。位於北竿芹壁的天后宮具有百餘年歷史，除了媽祖之外，還祭祀當地受到尊崇的蛙神─鐵甲將軍。這兩間天后宮都以著鮮明的閩東建築特色而值得一遊。
每年農曆3月23日媽祖誕辰，是馬祖當地最重要的節慶，各方信眾頂禮膜拜，而農曆9月9日重陽節，則舉辦「媽祖在馬祖〜媽祖升天祭」活動，內容包括祭祀大典、美食園遊會、民俗技藝表演、祈福平安活動等，這些時刻也是旅客認識馬祖的好機會。更多馬祖觀光資訊，請上【來去馬祖，怎麼玩？】專輯http://www.xinmedia.com/n/featurestory_list.aspx?collectionid=155