民主進步黨推出年金改革案引發爭論，更傳出黨推出改革方案的時間點與內容，不僅有黨籍立委不買帳，還傳出林萬億與民進黨立法院黨團總召柯建銘兩人言詞交鋒，柯建銘對此不回應，林萬億則說明整個過程。
他說，年金改革方案去年底已擬好，他也分別向黨團與中常會報告了6、7次，因年金改革案複雜度高，發現立委要了解非常困難，因此，分階段逐次把改革內容放在網路上，以利各界了解。
兩人爭執點包括一次到位還是分階段推改革方案；柯建銘主張先公保再勞保，林萬億坦承，與柯建銘在蘇貞昌面前有爭論，但不是針鋒相對，兩人爭論的重點在於區隔政策與政治的不同，柯建銘基於政治判斷認為，就算執政黨推出全套年金改革案，4月也不可能完成立法，民進黨不需要急著同步推出。
他表示，柯建銘談的是攻防的政治策略，而他談的是政策辯論，對於政策方案，他有必要準備完整的方案，對外說明。後來，蘇貞昌裁示，如果政策辯護沒問題先公布，政治攻防再看黨團的想法。
林萬億說，年金改革案到底分階段公布還是一步到位，最後是由蘇貞昌拍板定案，中國國民黨公布多少，民進黨就公布多少；國民黨把法案送到立法院，民進黨就把對應方案送到立法院，蘇貞昌也說過「寧願快不要慢」。
至於先公保後勞保一事，林萬億坦承原本與勞工團體與黨團協商好，先處理公保年金改革案，再處理勞保年金改革，但有消息指出，馬總統會同步推出，蘇貞昌也裁示，執政黨要公布多少，民進黨就公布多少。
林萬億說，民進黨對年金改革有策略，黨與立法院黨團沒有不同調，只是兩人出發點不同，他負責政策辯護，國會負責政治攻防，兩者定位不同。