民國九十七年五月，國民黨執政，當時擔任研考會主委的江宜樺，向馬英九總統推薦時任中山大學教授的葉匡時。馬總統一聽說葉匡時為大陳島的後裔（母親是從大陳島遷移來台），即欣然延攬，成為江宜樺的副手，擔任研考會副主委。
馬總統重要親信高朗，則是葉匡時的台大政治系同學，兩人都比江宜樺高四屆。
民國九十八年六月十六日，葉匡時再轉任交通部政務次長至今，並在桃園國際機場改制為機場公司時兼任首任董事長，現在則兼任財團法人航空發展基金會董事長；對於航空業務相當熟稔。
除了曾在大學任教，葉匡時也曾擔任太平洋聯網營運長，組織創建易遊網、燦坤旅遊網，以及癌症診所，並曾擔任百略醫學科技獨立董事，涉及有線電視、旅遊及醫學等相關領域。
在交通部的網站上，葉匡時的專長寫著組織理論與政策分析。講究效率的他，常直接作決策，這和現任交通部長毛治國喜歡出考題讓部屬做功課的做法不同。
葉匡時辯才無礙，幾次在立法院和立委針鋒相對、為政策力爭的情景，更是令人印象深刻。例如去年底，桃園國際機場頻頻出狀況，桃園機場公司員工卻又花大錢接力出國旅遊。面對朝野立委圍剿，葉匡時力挺桃機公司，以連珠炮回嗆立委，讓民進黨立委葉宜津、國民黨立委羅淑蕾傻眼，現場氣氛火爆。
葉匡時對於認定應該做的事，常直言不諱。如去年華信航空停飛台北高雄航線時，地方民意代表施壓，但葉匡時認為沒有效益的航線該停就停。
葉匡時與媒體互動無礙，電話一定接，知無不言、言無不盡，扮演良好的發言人角色。