后豐斷橋、北二高走山、莫拉克風災、蘇花公路坍方陸客團重大死傷等，部分民意代表或輿論將矛頭指向毛治國，要求他為災害負責。不過，毛治國靠著對交通業務的熟稔，規劃全盤的交通疏運，鐵、公路航空等總動員，降低公路災後造成的不便，高效率地發揮緊急救難，平息指責聲浪。
高速公路電子收費系統ＥＴＣ則是交通部另一個ＢＯＴ大難題。從民進黨時代歷任近四位交通部長都無法解決ＥＴＣ爭議，毛治國毅然要求廠商取消成本較高的ＯＢＵ，改為低價ｅＴａｇ。透過降低或推出免費的ｅＴａｇ，讓用路人願意改用ＥＴＣ，不到半年的時間，ｅＴａｇ用戶已擴增至兩百多萬戶，高速公路收費電子化的目標邁進了一大步。
ＥＴＣ使用率雖達到一定程度，接下來將面臨的是高速公路從計次收費改為計程收費的問題了。如今毛治國高升，這個棘手的問題，只能待下一個交通部長來頭痛。
毛治國在交通部長任內，最大的政績應屬觀光客來台人數倍增。這幾年，全球經濟不景氣，亞洲金融風暴、歐債危機等，各國經濟普遍衰退，出國人次減少，但台灣這幾年來台的觀光客卻每年成長一百萬人次。
觀光人數成長每年為國家帶來的數千億經濟產值，飯店如雨後春筍般的成立，遊覽車、餐廳、夜市、高級鐘錶店、土特產店等，更是欣欣向榮。支撐台灣經濟發展，曾任觀光局長的毛治國功可不沒。馬英九總統更多次在公開場合，讚揚毛治國大大提升觀光績效。