經濟部長施顏祥表示，兩岸投保協議生效，對兩岸之間的往來，將是很重要里程碑，對在大陸經營的台商，不論是投資及人身安全等都將有更明確的保障。
經濟部「台商聯合服務中心」自協議簽署後，已陸續受理台商申訴並送請陸方窗口協處約28案。其中，因遭圍廠、抗爭等因素，引發人身安全及遭邊境控管等案件計3件，已透過協處機制解決，其餘投資糾紛，因案情複雜且多屬陳年舊案，卷證資料或有佚失，協處難度較高，需一定時間處理，陸方協處窗口正協調地方相關單位積極處理中。
據瞭解，鴻海與比亞迪纏訟多年侵權及竊取商業營業祕密糾紛，雖不屬於投保協議處理範圍，不過，鴻海曾有員工因這項糾紛被限制出境，請求經濟部「台商聯合服務中心」協助，目前鴻海還有其他細節，在投保協議生效後，待兩岸調處。
ＳＯＧＯ則因大樓房東不按合約約定，大幅調漲租金，ＳＯＧＯ要求依約行事未果下，遭黑衣人滋擾，此案也在25件待處理案件之列。至於早年的新光案，則已和解，並未向政府申請協助。