規劃中的兩岸海關合作事項包括優質企業﹙AEO﹚相互承認，應用無線射頻識別技術﹙RFID﹚執行海關監管及跨境貿易無紙化等，以簡化通關程序。兩岸海關並將相互提供情資，共同打擊走私。
財政部表示，兩岸海關合作工作小組第3次會議已同意設立通關事務及技術合作、關稅技術合作、統計合作、AEO合作及緝私合作5個專家組，以解決兩岸海關合作問題。
官員表示，兩岸海關協議生效，代表5個專家組將展開後續協商，推動後續合作，其中最早展開的可能是統計合作，專家組預計3月在台開會。
財政部表示，中國大陸是台灣第一大出口市場與第二大進口來源地，兩岸貿易量龐大，雙方海關合作愈來愈重要。
財政部指出，兩岸經濟合作架構協議(ECFA)早期收穫清單貨品自102年起全部適用零關稅，預計未來有更多工業貨品納入ECFA優惠關稅項目，兩岸海關將建立更緊密的聯繫溝通平台，解決關稅估價、稅則分類及原產地認定等影響ECFA貨品通關事宜。
財政部預期，兩岸海關協議生效後可帶來4大效益。藉由雙方海關聯繫機制，解決通關問題；推動專業技術合作，便捷貨物通關；相互提供走私情資，打擊走私；開啟兩岸海關合作，促進國際關務交流。