經濟部指出，兩岸投保協議生效後，雙方將依協議規定，循兩會正式管道交換相關文件、機構及窗口聯繫名單，並正式啟動協議下的投資爭端解決機制、投資諮詢機制及聯繫機制等各項工作。
經濟部長施顏祥表示，協議生效對兩岸往來是一個重要里程碑。施顏祥說：『(原音)生效以後，對於在對岸經營的業者來講是很大的一步，中間不只是投資、也包括人身安全，都有更明確的保障，我想對於兩岸之間往來是一個很重要的里程碑，特別對投資來說的話。』
此外，自協議簽署後，經濟部「台商聯合服務中心」已陸續受理28件台商申訴案並送請陸方協處；其中，因為遭到圍廠、抗爭而威脅人身安全及遭到邊境控管的案件共3件，已透過協處機制獲得解決。其餘投資糾紛案件因為案情複雜且多屬陳年舊案，協處難度較高，需一定時間處理，陸方協處窗口正協調地方相關單位積極處理中。
經濟部並指出，在協議生效後，將正式展開相關協處工作，並持續追蹤案件的處理進展，雙方也將定期檢討，以確保協議的落實與執行。