臺南市政府環保局保護黑面琵鷺棲息地，自編預算每月監測棲息地水質一次。去年逐月監測結果，12次的水質皆符合甲類海域水質標準，確保黑面琵鷺棲息環境安全無虞。
環保局指出，黑面琵鷺棲息地水質採樣及監測點位計有賞鳥亭、大潮溝、大眾廟、遊客中心、福元宮、解說中心、國聖燈塔及1、4號水門等9處。檢測人員除現場量測酸鹼值、水溫、導電度及溶氧外，另採集樣品加入適當的保存劑，帶回環保局檢驗股實驗室檢驗生化需氧量、化學需氧量、重金屬(銅、鋅、鎳、鉛、鉻、鎘、鐵與錳)、懸浮固體物、氨氮及大腸桿菌群等項目。
環保局表示，黑面琵鷺為瀕臨絕種的保護鳥種，101年全球普查只有2693隻，其中台灣出現1562隻，而臺南市就高達1533隻，占全球近60％，數量創歷年來新高。20年來臺南市保育成功，黑面琵鷺數量成長7倍多，成為全球黑面琵鷺最重要的渡冬棲息地。