衛生署當初認為，有業外收入者都是有錢人。但現行的狀況是，辛苦打工族收入微薄已不足養家，即使多打幾份工，每筆兼職所得卻都逃不了補充保費，瘦羊被迫剝兩層皮。反觀有錢人，大有管道合法規避補充保費。
房東將房租拆單或提高租金方式，將補充保費轉嫁給公司行號；一樣是兼職所得，參加職業工會不必繳補充保費，但其他受雇者卻一毛都跑不掉；同樣是醫師，受雇醫師的演講費要交補充保費，開業醫師卻不必繳。
補充保費選擇性地只針對某些所得或收入課費，但某些卻不計收，同樣金額的收入卻因不同身分或職業，產生差別待遇，不僅不符「收入多者多繳保費」的期待，更加重民眾的相對剝奪感。
但是補充保費不止個人受影響，全台公司行號、機關、團體也被迫一起「總動員」。無論專家車馬費、講師鐘點費，公司要先代扣二％的補充保費，除手續繁雜、增加行政成本，發放的薪資總數若逾員工的投保金額，差額還要繳保費。補充保費成了政府相當「有感」的政策。
二代健保家戶總所得的立法概念當初遭一夕翻盤，改從執行業務收入、兼職所得等六大收入課徵補充保費，未深思熟慮、匆促立法過關。從立法之初爭議已不斷，亂象仍一波未平、一波又起。
據健保局的調查，二代健保上路後多數民眾仍霧煞煞，未來所得入帳，恐怕更多民眾才會驚覺，原來自己也會被課到補充保費。馬英九總統日前曾說，「二代健保爭議已平息」，但補充保費卻引發更多民怨，政府應及早懸崖勒馬、進行修正。