2013年金門馬拉松競賽組原報名人數1700人，後再增加報名到2052人，其中42.195公里的全程馬拉松665人、21.0975公里的半程馬拉松944人、11.2公里的路跑443人。競賽組選手19日向國立金門大學報到，領取參賽資料。
休閒組20日清晨6時到6時45分在金大現場報名，領取號碼布、紀念衫，每人限領一塊號碼布、一件紀念衫，不可代領，先到先得，發完為止。
主辦單位表示，大陸有150多名選手報名參加競賽組比賽。很多無法報名競賽組的選手，大會建議報名參加休閒組5公里賽程。競賽組統一在20日上午7時鳴槍出發，休閒組選手則在7時5分鳴槍出發。
主辦單位表示，救國團金門青年活動中心床位19日客滿，如有團體找不到住宿地點，可洽訂活動中心集會堂，自備睡袋，含早餐每人新台幣300元，集會堂鋪椰子墊，可容納30人。