「庫房制度」是教授將部分科研經費預放其中，由專責行政人員統一採購研究物品，學者可直接到庫房領取用品，減少接觸金錢的機會。不過，吳思華認為不能適用每一校情況，還不如修法成立基金會，因為基礎學術研究在全世界都採用基金會方式，讓學者申請，不再侷限年度會計預算。申請單位也可改以系、院或校，系院校的行政人力即可介入幫忙。
世新大學校長賴鼎銘也表示，部分耗材例如碳粉匣等可適用庫房制，但如田野調查茶點費就不適用。
教育部長蔣偉寧回應表示，只要核實處理，是用庫房制度、成立基金會，或善用現有的校務基金制度，都可討論，畢竟不必每校都要買一堆耗材放在倉庫存放。
國科會副主委孫以瀚表示，庫房制度也是與大學討論結果，但不具強制性，若學校規模較小，也可以院為單位，國科會已把學研經費彈性化，大項目內授權執行機關認定，但學校也要加強內控機制。