針對大學教授以不實發票請領研究經費案，本身也是大學教授的內政部長李鴻源12日表示，現行核銷制度有許多不合理之處。他指出，為了配合立法院預算，一般教授大多是在5、6月才拿到研究計畫，合約成立後才能報帳，但計畫是持續的，從1月到6月就已經開始進行研究，期間的各項經費支出只能先向系所或學校借支，而且各項文具等報銷都必須檢具單據，讓研究人員疲於奔命。
李鴻源表示，在假發票案中，或許有少部分的教授是蓄意浮報，但他相信大多數的教授都是不小心或是不得已，才採取發票交換等權宜作法。他說：『(原音)但是我相信大部分的教授都不是蓄意做這件事情，而是他為了要支付他的研究生的經費，為了讓1月到6月沒有簽約以前研究不中斷所做出不得已的權宜措施。』
李鴻源表示，希望社會能夠以理解寬容的態度看待這件事，並考量情理法各個層面，針對違法情節嚴重者依法究辦，但對於並非蓄意觸法的教授，應給他們一個機會。
李鴻源表示，針對假發票案，內政部也會檢討，讓相關法規更有彈性，給教授們更大的研究空間，否則他擔心台灣優秀人才將留失、出走國外，這絕非社會所樂見。