根據新修條文，將妨害營業秘密罪分為國內、外，新增在國（境）內罰則除可處六個月以上、五年以下之刑責外，還能併科罰金五十萬到一千萬元；若犯罪所得利益超過一千萬元，罰金更能酌量加重至所得利益的三倍。
若將營業秘密外洩到國（境）外，罰則更將從現行的六個月以上、五年以下，倍增為一年以上、十年以下；還能併科罰金三百萬到五千萬元，若犯罪所得利益超過五千萬元，罰金更能酌量加重所得利益的二到十倍，且國外犯罪者從告訴乃論改為非告訴乃論罪。
上述修正案並新增「窩裡反條款」，參與洩密的員工若願意自首或吐實，受害廠商可片面對其撤告。若公務員或曾任公務員者違法，將加重刑期二分之一；若公司負責人未能盡力防止營業秘密遭竊，也須負連帶責任，科以罰金。