淡江大學大陸研究所所長張五岳在台北論壇基金會網站上發表文章表示，在兩岸無法就政治定位與用官方名義直接溝通對話之際，仍以海峽交流基金會與大陸海峽兩岸關係協會名義互設辦事機構較為務實可行，主管機關則為行政院大陸委員會與大陸國務院台灣事務辦公室。
他認為，兩岸目前雖有「台旅會（台灣海峽兩岸觀光旅遊協會）」與「海旅會（海峽兩岸旅遊交流協會）」，或是外貿協會所成立的「台灣貿易中心」，都由兩岸官方主導設置，但都只處理單領域事務性議題，在當前兩岸關係建構和平發展機制化的考量下，兩岸兩會互設機構應該要是綜合性的機構。
張五岳說，未來兩會互設辦事機構的功能應包含雙方人民往返旅行證件的核發及必要的面談機制；也應包含代表雙方公權力，處理人民互動糾紛、具體權益交涉、保障事項等，發展為具兩岸特色的準領事護僑功能。
此外，也應扮演雙方公權力緊急聯繫與溝通的重要管道，具備一般所謂的「準」駐外機構功能，但是否能完全享有一般駐外機構的特殊待遇，則還要雙方進一步協商。
不過，他補充，海基會在中國大陸設置辦事機構，對兩岸關係的互動與發展將產生重大深遠的影響；但同時，政府大陸政策的決策與執行機制也將因此產生變化，在總統主導下，國安會秘書長、陸委會主委、海基會駐大陸代表3者，將成為未來政府大陸政策決策、協調與執行上的3大要角。
海基會董事長林中森昨天接受電台專訪時表示，兩岸兩會互設辦事處正在「緊鑼密鼓研議」中，「希望很快會有好消息」。