行政院為防堵組織改造亂象，院長陳冲今（10）日下令禁止各部會不按行政院組改版本遊說立委的行為，並要研考會嚴辦。負責主持組織改造推動小組的行政院副院長江宜樺還為此說了重話，要求涉傳聞部會對外澄清，不然就是默認。
民進黨立委田秋堇、國民黨立委邱文彥、親民黨立委張曉風，以及保育學者周蓮香、邵廣昭等人8日一同召開記者會，要求政府推動設立海洋部，並加強對海洋環境保育與白海豚保育的對策，外界傳聞是海巡署在背後運作。
另外，原本隸屬交通部的中央氣象局，被改編到環境資源部，但傳言環資部不想要，因為怕承受「報不準」的壓力，還有立委提案要求併到科技部，氣象局陷入窘境，被媒體形容為組改「孤兒」。
不僅於此，交通部、內政部、農委會也傳出組織角力戰，甚至有部會首長親自出動。還有不願具名的國民黨立委向媒體證實，「要被整併的單位，請託總是難免的。」
針對這些組改亂象，陳冲下令禁止。行政院發言人鄭麗文轉述陳冲在院會中的談話，陳冲指出，他有3次在主持相關會議中，要求各部會務必依照行政院通過的組織法草案全力推動；「有人私下向立法委員遊說不同版本，絕對不容許，且非常不妥當」，請研考會特別注意，如有此種情形，一律嚴辦。
陳冲說，行政院組織改造推動小組由江宜樺主持，江宜樺在研考會時期也非常深入參與過程，當年規劃組改，有其一定邏輯，如有部會各自去遊說，非常不妥，如因環境變遷或有更好規劃，請回到江宜樺主持的組改推動小組討論，再一起推動，以免造成亂象。
陳冲強調，行政院是一個整體團隊，希望各項討論，均能透過正式管道進行。
陳冲重申，組改是非常重大的工程，各部會需齊心努力，希望大家努力完成，並請研考會持續關注立法進度。
江宜樺也在院會中做了相關報告，他要求相關部會遇到在外界有所疑慮，或有傳聞的時候，應該主動澄清、說明，否認，不可以沒有對外澄清，不然就是默認，一定要照行政院的版本，按照行政院既定的立場。