上述木質燃料，都被視為取代石油和煤炭的綠能替代能源，但蘭開斯特大學的報告指出，這些樹木會釋放出高量的異戊二烯（Isoprene）。異戊二烯與其他汙染物在日光下結合，除形成有毒臭氧，也可能減少農作物產量。
蘭開斯特大學教授休伊特（Nick Hewitt）指出，「栽種生質燃料被認為是好事，因為它可降低大氣中的二氧化碳…的確，生質燃料很棒，但它可能對空氣品質產生有害影響。」
他表示，只要在空氣汙染的地區大規模生產生質燃料，就會出現類似影響，美國和中國也不例外。
研究團隊估計，歐洲聯盟若要以木基燃料達到二○二○年的減碳目標，每年除導致一千多人提早送命，損失的社會成本高達七十一億美元。小麥和玉米收成滑落，農作物產值每年也將減少十五億美元。
這篇刊登在《自然氣候變遷》（Nature Climate Change）期刊的報告建議，新的木質燃料栽種場，最好遠離汙染嚴重的人口密集區，以減少有毒臭氧形成。另外，也可利用基因工程降低這些樹木排放的異戊二烯含量。