郭綜合醫院在郭宗正院長的積極推動下，2012年起開始積極參與各項無菸醫院推動工作，從醫院高層的宣示、全院同仁連署簽名開始，透過各部門合作協助，逐步的落實無菸醫院各項指標要求，如：禁菸標誌張貼、合作廠商合約、員工合約、資訊提示系統、戒菸宣導、門診戒菸、社區宣導、戒菸班和無菸環境營造等多項工作。
邱榮章副院長表示，能獲得衛生單位的肯定，除了感恩院長的大力支持、各單位的合作與推動外，更感謝社區醫學部張乃文部長連同家醫科全體醫師承擔起戒菸門診的工作，並領導社工室蘇悅中組長、HPH委員會張富南執行長、戒菸衛教師李妍蓉、黃婉茹、勞安師郭政雄等多人，共同規劃落實各項指標，使醫院能獲得此殊榮。
除了落實無菸醫院各項工作指標外，門診戒菸也是郭綜合醫院的推動重點之一。醫院為了提供吸菸民眾在戒菸時的便利性，每週提供的戒菸門診高達17診次。並搭配門、急、住診的戒菸轉介及資訊提示系統，透過醫師和護理人員的衛教，提高民眾戒菸意願。
此外，醫院對於員工的無菸政策教育也相當重視，除了將健康促進醫院及無菸醫院理念列入新進員工教育訓練課程外，並與台南市衛生局合作舉辦「戒菸衛教人員初階訓練」。課程吸引了院內外醫護、醫技同仁270人參加7小時的培訓課程。另外為維護無菸環境，將新大樓中央樓梯走道訂為無菸健康步道，由院長帶領示範、鼓勵同仁上三下五(往上三層往下五層)以步行代替電梯。
除在醫院宣導防制外，該院承接中西區的社區健康促進工作已多年，積極於社區展開菸害防制，觸角深入市場、校園、社區及監獄，並於年度舉行全院員工、志工、各社區聯合大健走，由中西區黎燕玉區長帶領宣誓健康生活公約，拒絕菸酒檳毒害、注重運動及健康飲食習慣。將影響層面擴及於整個社區。