二代健保針對兼職所得課徵補充保費，在學校擔任兼職助理的研究生也必須繳交。台灣大學工會秘書長黃守達7日表示，研究生為了完成學業，在學校兼職打工，沒有勞保卻還要繳交健保的補充保費，非常不公平。他說：『(原音)當我們要向國家爭取權益時，國家說我們不是勞工、我們不是勞動者，我們沒有相對應的權益；當國家要錢的時候，他就跟我們說我們賺的錢是兼職所得，要被扣除2%的補充保費，這導致整個量能負擔的原則被扭曲，甚至為何同一所大學裡面，大學部可以不用負擔補充保費，而研究生卻要負擔補充保費？』
台聯立委林世嘉也表示，一位博士生若在校內兼任研究助理，每月須扣繳新台幣576元的補充保費，但領取同樣薪資的正職勞工卻只要繳424元的保費，形成制度劫貧濟富的現象，她將提案修法，刪除補充保費制度；民進黨立委鄭麗君也要求衛生署在3個月內完成檢討。
對此，衛生署長邱文達表示，研究生是成年人，應該參與健保互助體制。他說：『(原音)因為他也是成年人，因為研究生制度非常複雜，裡面有EMBA、MBA太複雜，所以我們當時討論到大專生，研究生是成年人，他就必須參與互助制度。』
衛生署健保小組副召集人曲同光也指出，補充保費制度是針對所有人，並非懲罰學生，大學部的學生也須扣繳，只是門檻較高；他強調，研究生正準備進入社會，應該分擔補充保費。