國科會、教育部也向行政院表達事態嚴重；國科會主委朱敬一表示，已向行政院副院長江宜樺報告過此事，若政院指示與法務部溝通法令問題，國科會將出面溝通；教育部長蔣偉寧也指出，如有機會，也希望能與法界溝通。
三首長聲明指出，學術界的假發票事件，導致多位教授被以貪污罪名起訴，除了重挫學界士氣，也可能使國際誤以為台灣學術界有普遍貪瀆現象。許多遭起訴的教授，沒有一毛錢進私人口袋，而是轉用其他學術用途，主觀上沒有貪污犯意，若以貪污罪名起訴，不符比例原則也太不公平。
聲明並提三點訴求：一要聘請律師研究案情，為單純報帳品項不符的涉案教授提供法律協助。二則呼籲檢察官檢視科技基本法第六條最後一項，對科技預算補助的計畫採購，不再以貪污治罪條例追訴。最後，呼籲立法與司法單位多了解學術研究的本質，落實公務與研究的分軌。「這是我們共同的期待，背後卻是數千位研究者共同的無奈」。
朱敬一表示，目前學術研究與公務體系無法區分，是各界看法最大誤差來源。國科會與教育部等部會，將聘請律師並聯絡大學法律系教授，商請協助。
朱敬一表示，如有教授確實將錢拿進自己口袋，那就該嚴辦。但過去學術界以Ａ報Ｂ的案例應不少，所以去年科技基本法修正放寬制度，國科會也已鬆綁大學科研經費核銷制度，細項經費變更可由學校自行認定；過去須權宜以碳粉名義購買液晶螢幕的事情，現已沒必要。科研需要很大彈性，不能與公務採購混為一談；否則此一波後，後面還有元霖公司等牽涉全國各大學的案例，將是學界浩劫。
朱敬一指出，檢察機關這次以貪污罪起訴多名國立大學教授，「等於用現在合法的事情，去起訴以前的不合法」。他感嘆，一個國家法律不應只是在六法全書中 ，還需兼顧社會情況。
教育部長蔣偉寧昨也表示，若有教授藉此中飽私囊，確實不應該，但若都用在學術用途上，希望司法單位從寬處理，能給教授們一些機會，「人才培養真的不容易。」
而不實發票核銷案調查過程涉及上百系所與許多人，只有少數教授被起訴，蔣偉寧也相信假發票不是「通案」。蔣說，國科會已修改核銷相關辦法，如有機會，「教育部會和法務部交換意見，但要找合適的方式。」