馬政府推動組改，亂象不少，前研考會主委施能傑受訪指出，馬政府在通過行政院組織法之後，對後續的組改缺乏有效的統合機制，最高目標就是「能過就好」，才會出現各部會「各自登山」的情況，等於變相地放任。
民進黨政府時代負責組改工作的施能傑說，現在中央部會三級機關的整併或移撥問題，政府高層也不是不知道會碰到困難，套一句馬英九總統說過的話：「先求有再求好」，眼前的最高目標就是能夠過就可以，只要能趕緊上路即可。
施能傑說，在這樣的背景下，主導組改的研考會也缺乏支持動力，即使覺得不適合，也很難使得上力，不可能壓得住其他部會；行政院雖有統合機制，但只要意見可以妥協，行政院沒有太多意見，基本上等於是放任態度。
「署」增加 「部」遭架空
施能傑指出，馬政府所提出版本，原始構想就不是大幅變革，但比較大的影響是，三級機關的「署」大量增加。由於署有獨立的預算及員額，部分署掌控上百億元預算，等於「自成王國」，一旦署增加，上頭的「部」往往會被架空，也管不動。
施表示，這些「署長」雖是常任文官，但因執掌重要，在國會備詢時往往得直接面對立委，政治性格強化，要文官如何中立，這均違反民主及課責的基本原理。