行政院自一九八七年開始推動改造工程，二○一○年一月通過「行政院組織法修正案」，將行政院轄下的三十七個部會整併至二十九個，原預定在二○一二年一月正式上路，但至今仍有十三個部會難產中。
尤其，各部會及其所屬三級機關在內共有一百卅五項配套修法，成為更艱困的工程。在此過渡期間運作的「行政院功能業務與組織調整暫行條例」，最後期限為二○一四年十二月三十一日，等於組改工程，最遲須於明年底完成。
處理相關法制作業的立法院司法及法制委員會國、民兩黨召委廖正井和尤美女昨均質疑，組改已是「一場災難」。廖正井痛斥，行政院不懂組改又好高騖遠，才搞得現在亂七八糟。
須精簡層級 才有效果
他說，北歐政府幾年前也進行組改，不僅減少人員數量、也降低國家負擔。反觀台灣的組改，沒有「精簡」、只有「大風吹」，如今沒一個部會滿意，勞民又傷財。他認為，政府若要推動「真正」組改，就該精簡不適合部會，也要減少中央和地方層級與縣市數量，才是有效率的組織改造。
最近組改法案的審查過程，亂象不少，包括營建署想繼續留在內政部，不願到原規劃的交通部；林務局也透過立委提案想續留農委會，不願被歸併至未來的環境資源部；另方面，原規劃設置的海洋委員會，也在部分機關運作下，委由立委提案單獨成立部會。
建立公務員退場機制
尤美女也說，這一波組改亂了章法，更沒有建立「公務員退場機制」，造成新人進不來、冗員出不去、大量使用派遣員工，組改後不僅人數愈改愈多、政府負擔愈趨沉重，整體效率也沒有提高；她批評，這實在是沒有效果、效率的組織改造。
廖正井認為，環資部和衛福部等高度爭議部會，立法院本會期確定無法通過，行政院應提出更好的解決辦法。
民進黨立委吳宜臻也指出，行政院推動組改只是「併而不整」；以衛福部為例，政院送出的組織法增加了「社會及家庭署」，把原本社會司的業務單位及兒童局併入，「官雖變多了」，但還是沒解決社政、衛政各做各的、各管各的問題，併而不整，完全不符合組改的目標。