朱敬一說，這只是第一波起訴，如果檢方照相同標準查下去，案情會不斷擴大，學術界有人開玩笑說，「未來學術審查會要在土城看守所召開」。他呼籲，檢方應瞭解學術研究經費和一般公務機關的經費使用並不一樣，才不會冤枉人。
翁啟惠表示，能申請到國家研究經費的學者，國內大約一萬人左右，其中多數是受歐美教育，難道這些人在國外不會貪汙，一回台灣就轉性貪汙嗎？他擔憂，一旦後續又有大量教授被以貪汙起訴，未來很難再邀學者返台服務。
蔣偉寧指出，如果教授將研究經費都用於學術研究，沒有中飽私囊，希望司法機關給教授機會，從輕發落。
翁啟惠、朱敬一及蔣偉寧昨天發表共同聲明指出，若教授以假發票報領經費拿進口袋，或購買與研究無關之私人用品，絕對要依法究辦。但若是以假發票報帳購買另一項研究器材，沒有一毛錢進私人口袋，教授主觀上沒有貪汙犯意，將他們以貪汙罪名起訴，不符比例原則，太嚴厲、也太不公平。